算法平台-新型冠状病毒核酸检测一开始只能在湖北省疾控中心进行-全民大新闻

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那麼,這到底是一個什麼樣的突破?這一突破又意味着什麼?

所以,雖然疫情突至,誰也沒能預料。

俠之大者,當如是。本文首發於微信公眾號:量子位。文章內容屬作者個人觀點,不代表和訊網立場。投資者據此操作,風險請自擔。

根據各個機構公布的數據,新型冠狀病毒全基因組序列全長29847bp,是基因組序列最長的病毒之一。

△顧斐在疾控中心基因檢測分析現場

而且,當前採用的核酸檢測方法, 也有不足之處。

「由於病毒存在變異的可能性,對於整個基因序列來說,這種檢測方法猶如盲人摸象。一旦病毒發生變異,就可能出現漏檢的情況,」他說。

阿里達摩院,用算法抗疫疫情兇猛,科技公司如何能夠貢獻一份力量?達摩院的做法可以作為一個參考:讓自身技術能力在抗疫第一線發揮作用。

並深入到一線,與浙江省疾控中心、傑毅生物共同打造自動化全基因組檢測分析平台,於是才有了病毒基因分析速度由數小時縮短到半小時的直接產出。

根據官方信息,這一平台主要由浙江省疾控中心、阿里巴巴達摩院、傑毅生物共同研發。傑毅生物開發了全自動高通量測序建庫儀,把整體常規人工需要12小時的工作縮短到2個小時。

雖然背後的方法已經相對成熟完善,但仍舊需要很長的時間。

而且, 達摩院還在研究基於序列的蛋白質三維結構預測模型以及藥物篩選模型,為藥物研發貢獻技術能力。

除此之外,達摩院的並沒有就此停下腳步。

加上新冠狀病毒傳染性較強,開展核酸檢測對於實驗室、設備、人員也都有相應要求。

浙江省的自動化全基因組檢測分析平台採用的是不同於核酸檢測方法的全基因組檢測技術,是對疑似病例的病毒樣本進行全基因組序列分析比對。

果殼此前發佈的文章對整個過程分析之後稱:從病人樣本送到實驗室即刻開始測試到出檢測報告差不多也需要8個小時。

但仍舊是依靠人肉來推動,效率並沒有得到提高,所以依舊有大量疑似患者存在。

達摩院介紹說,疫情發生之後,他們就組建了十餘人團隊,針對新冠病毒基因的特徵進行了分析,決定採用分佈式設計的分析算法,並基於蛋白質數據庫(PDB)等公共數據集的數據進行算法的優化訓練。

乾明 發自 凹非寺量子位 報道 | 公眾號 QbitAI

達摩院這樣的機構創辦,最初或許並不為這樣的時刻而生,但正在用實際行動帶來希望、帶來信心。

在抗擊新型冠狀病毒緊要關頭,這樣的AI突破,對於有效提升疑似病例確診效率,及時阻斷病毒的傳播,必然會有極大助益。

我們從「疑似病例」這一關鍵詞開始說起。

AI如何大幅度提高檢測效率?

快速、精確診斷武漢新型冠狀病毒(2019-nCoV),對於疫情傳播控制來說,顯得尤其重要。

顧斐說,在病毒序列拼接完成後,通過設BiLSTM+DNN的方式訓練模型還可以在還可以15-30分鐘內預測病毒蛋白二級結構。

目前,全國大多數醫院普遍採用核酸檢測來確診患者是否患有新型冠狀病毒肺炎。

因此,在嚴峻的抗疫形式面前,仍舊需要一種效率更高的病毒檢測方法。

應用在新型冠狀病毒中,可以有效防止病毒變異產生的漏檢。雖然能力很強,但它也有缺陷。最直接的不足就是其前處理和數據分析都非常費時費力。

達摩院介紹,這一平台還能有效防止病毒變異產生的漏檢,並精準檢測出可能存在的病毒變異情況,為後續疫苗與藥物研發提供支撐。

最新數據,截至2月1日24時,國家衛生健康委收到31個省(自治區、直轄市)和新疆生產建設兵團累計報告確診病例14380例,疑似病例有19544例。

達摩院算法專家顧斐博士介紹稱,核酸檢測方法只能檢測到病毒基因的局部。

但現在,技術的力量正在成為抗擊疫情的新驅動引擎。

最新消息,好消息。針對疫情抗擊,來自阿里達摩院,AI發揮作用。

還有19544例疑似病例尚未得到確診

在病毒的拼接階段,他們也採用了分佈式設計的de Bruijn圖算法,將病毒拼接的速度由30分鐘-1小時縮短到15-30分鐘。

因此,新型冠狀病毒核酸檢測一開始只能在湖北省疾控中心進行,而且核酸檢測試劑盒生產較少,就出現了疑似患者確診困難,得不到及時救治的狀況。

雖然現在能夠進行新冠狀病毒核酸檢測的醫院和機構增多,而且核酸檢測試劑盒產量逐步跟上,疑似患者確診困難狀況得到緩解。

達摩院介紹稱,這屬於高通量測序,可以一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定,使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細緻全貌的分析成為可能。

不僅只有速度的提升,還有質量的提高。達摩院表示,這能夠幫醫護人員檢測到病毒全貌,就算變異的病毒也能精準檢測,大幅提升確診效率。

怎麼評價這一平台?目前,這個平台已經上線,浙江省疾控中心也給出了評論。

據介紹,平台將會在全省應用。達摩院也說,他們也正在努力與合作夥伴共同將這套系統推廣至全國。

但在AI算法的加持下,這些問題也都得到了克服。

每次測序過程產生的海量數據(603138,股吧),則交由達摩院的算法進行分析。

△新型冠狀病毒結構顧斐介紹稱,在序列比對過程中,他們對算法增加了分佈式設計,病毒基因分析的速度由數小時縮短到半小時,從而大幅提高疑似病例的確診速度。

2月1日,浙江省疾控中心上線自動化的全基因組檢測分析平台,這一平台由浙江省疾控中心聯合達摩院和傑毅生物聯合研發。

藉助阿里達摩院研發的AI算法,原來數小時的疑似病例基因分析縮短至半小時,加上傑毅生物技術的新型檢測設備,大幅縮短疑似患者確診時間。

「這個平台基於阿里雲的強大算力與達摩院新算法可以為病毒的解析提供支撐,」其基因測序負責人孫逸博士說:「基於這個平台,未來還可以在短時間內將檢測範圍覆蓋整個確診病例,也為後續疫苗與藥物研發打下了堅實基礎。」

浙江省疾控中心上線的全新檢測平台,不僅使用了更先進的檢測儀器,還有達摩院的算法發揮作用,而且帶來了切實的效果。

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